يضم متحف قطر الوطني ست مساحات تفاعلية داخلية مصممة لأغراض محددة، حيث يستطيع الطلاب الانخراط في أنشطة عملية تتعلق بموضوعات مختلفة، كالتعرف على الحيوانات وبيئاتها، والآثار القديمة، وحياة البحّارة في مراكب الغوص. ويمكنهم كذلك التعبير عن أفكارهم وآرائهم الخاصة فيما يتعلق بالحفاظ على البيئة.
كما يضم المتحف ثلاث مساحات منفصلة بين صالات العرض، يمكن للمعلمين الاجتماع بطلابهم فيها لمناقشة ما شاهدوه في الصالات، والأنشطة التي شاركوا فيها. إضافة إلى غرفتي استوديو تعليميين تقام فيهما ورش العمل الفنية للمجموعات الطلابية.
وإلى جانب ذلك، يضم المتحف قاعة من 220 مقعداً، وهي مناسبة جداً لإقامة المسرحيات المدرسية والمؤتمرات التعليمية. يمكن تصفح الكتب والمواد الإلكترونية المرتبطة بالقطع المعروضة داخل الصالات، من خلال زيارة الموقع الإلكتروني لمكتبة المتحف.
كما تتوفر أثناء أشهر الشتاء مجموعة من مساحات اللعب الخارجية.
